자동차 제작자가 배출가스 수시검사에서 불합격된 자동차에 대해 환경부장관의 부품 교체명령을 이행하지 않거나 불합격된 원인을 부품교체로는 시정할 수 없을 경우에는 환경부장관이 신설된 명령을 내릴 수 있도록 했다. 환경부장관의 명령을 이행하지 않은 제작사에게는 5년 이하의 징역 또는 5,000만 원 이하의 벌금을 부과할 수 있도록 벌칙조항도 신설했다. 과징금의 최대 부과요율은 당초 매출액의 3%에서 5%로 상향 조정했는데, 이는 환경법률 중에서 화학물질관리법과 더불어 가장 높은 비율이다. 환경 이외의 법률과 비교해도 공정거래법상 담합행위(10%) 다음으로 높은 수준이다. 다만, 개정안에서는 고의성이 없고 배출가스의 양이 늘어나지 않는 경우에는 사안의 경중을 고려하여 과징금을 차등 적용할 수 있도록 하는 보완장치도 마련되었다. 과징금 상한액은 2015년 11월에 폭스바겐 배출가스 조작 사건이 발생한 이후, 대기환경보전법을 한차례 개정하여 올해 7월부터 차종당 과징금 상한액을 종전 10억 원에서 100억원으로 상향했으나 상한액 100억 원으로는 유사 사건의 재발방지 효과가 미흡하다는 지적에 따라 이번에 상한액을 500억 원으로 추가 상향했다.

이번에 개정된 과징금 요율 5%와 차종당 과징금 상한액 500억 원을 폭스바겐 사례에 적용하면 배출가스 조작은 15개 차종에 2,384억 원, 인증서류 위조는 24개 차종에 1,189억 원을 부과할 수 있다. 과징금 부과액이 대폭 상향됨에 따라 자동차 제작사의 환경 인증 위반행위에 대한 억제 효과가 클 것으로 기대된다. 아울러, 이번 개정안에는 정부의 지원금(장치 가격의 90%)을 받아서 배출가스 저감장치를 부착했거나 저공해엔진으로 교체한 경유차를 등록말소할 경우 종전에는 해당장치나 부품을 반드시 현물로 반납하도록 했으나 해당 장치의 탈착·보관·반납에 따른 자동차 소유자의 불편을 해소하기 위하여 해당 장치의 잔존가치에 해당하는 금액을 현금으로도 납부할 수 있도록 개선했다. 나정균 환경부 기후대기정책관은 “대기환경보전법이 실효성 있게 개정됨으로써 앞으로 자동차 제작사의 불법행위가 크게 줄어들 것으로 기대한다”고 말했다.